Il cristianesimo è la seconda religione più diffusa dell'Indonesia, dopo l'islam. Circa il 7% della popolazione indonesiana professa la religione cristiana. Una grande maggioranza è protestante e il resto rimane cattolica. Queste due religioni fanno parte di quelle ufficializzate dall'Estado indonesiano nel 1945. Si inscrivono così nella filosofia del Pancasila.

L'arrivo dei coloni europei e del cristianesimo in Indonesia:

Il cristianesimo arriva nel Sudest asiatico insieme agli Europei, in particolare ai Portoghesi e agli Olandesi. I primi diffondono il cattolicesimo nel XVI secolo, in alcune aree dell'arcipelago come a Nusa Tenggara e a Timor.

Gli Olandesi arrivano nel XIX secolo con missionari con l'obiettivo di convertire le popolazioni al protestantesimo. L'obiettivo principale rimane l'eliminazione della presenza portoghese sul territorio. Inoltre, in questo periodo, viene proibito il cattolicesimo, sostituito dal protestantesimo. Durante la colonizzazione indonesiana, alcune regioni, come Sulawesi, le Molucche, la Papua o Kalimantan, adottano questa religione.

Non è raro che scoppi di tensioni religiose tra le comunità cristiane e musulmane avvengano in alcune zone sensibili dell'Indonesia, ma vengono generalmente fortemente condannati dai leader religiosi di entrambe le comunità.